Bien qu'ils soient uniquement composés d'une petite molécule d'ARN circulaire simple-brin (300-400 bases) ne codant pour aucune protéine, les viroïdes contiennent suffisamment d'information pour infecter de façon spécifique leur hôte et moduler l'expression génique de la plante en leur faveur, ce qui a pour conséquence l'apparition de certains symptômes menant finalement à la maladie. Ces propriétés des viroïdes, en plus de la présence d'un motif ARN auto-catalytique au sein de la famille des Avsunviroidae, supporte l'idée que les viroïdes peuvent avoir une origine très ancienne, pouvant même être un vestige d'un monde ARN précédant celui de l'ADN et des protéines. Cette molécule "simpliste" considérée comme à la frontière de la vie, semble donc être un excellent modèle pour l'étude des interactions entre les pathogènes et la machinerie cellulaire de l'hôte et pour l'étude de l'évolution des molécules biologiques.

Nous utilisons comme modèle dans le laboratoire, le viroïde de la mosaïque latente du pêcher (PLMVd) et le viroïde des tubercules en fuseaux de la pomme de terre (PSTVd) dans le but de comprendre comment les viroïdes cause des maladies chez les plantes. Nous utilisons des techniques in vitro qui nous permettent de déterminer la structure secondaire et tertiaire de ces viroïdes (par mutagenèse, RNase, SHAPE, gel de rétention, bio-informatique, etc) pour ainsi découvrir de nouveaux motifs au sein de ces molécules d'ARN qui pourraient expliquer leur pathogénicité et leur réplication. Nous utilisons aussi des techniques de séquençage à haut débit afin de mieux comprendre le concept de quasi-espèces qui caractérise l’évolution des viroïdes. Cette technique nous permet aussi de mettre en lumière la composition des ARN interférents de la plante pendant l’infection. Cette étude est très importante car elle nous a permis d’identifier des gènes importants de l’hôte qui contribuent à l’infection.

Les résultats de nos recherches permettront de mieux comprendre l'effet de la structure d'un pathogène ARN sur son infectivité et aussi sa relation dans le mécanisme de l'interférence à l'ARN chez la plante.