Natif de Ville de Laval, Jean-Pierre Perreault a complété successivement un programme de baccalauréat (1986), maîtrise (1988) et doctorat (1990) en biochimie à l'Université de Montréal. Sous la supervision du Pr Robert J. Cedergren, il a participé à la synthèse des premiers polymères d'ARN, puis des polymères mixtes ARN/ADN. Il a aussi développé l'utilisation de ces nouvelles molécules comme outils en biologie moléculaire pour l'étude des relations structure-fonction des ARNs, qui sont en fait le produit des gènes, ainsi que leur utilisation en recherche et développement pharmaceutique. Ce travail avant-gardiste lui a permis de recevoir le Prix d'Excellence de l'Académie des Grands Montréalais pour la meilleure thèse du secteur biomédical en 1991. Il a ensuite complété une formation post-doctorale à l'Université Yale (1990-1993). Sous la direction du Pr Sidney Altman, lauréat du Prix Nobel pour la découverte des ARNs catalytiques, il a travaillé à la caractérisation de la RNase P, une enzyme essentielle à la vie.

Le Pr Perreault enseigne à la Faculté de médecine et des sciences de la santé (FMSS) de l'Université de Sherbrooke depuis 1993. Il est professeur titulaire depuis 2002 au Département de biochimie, dont il a été le directeur de 2004 à 2010. Il a dirigé le programme gradué de maîtrise et doctorat en biochimie de 1995 à 2000 ainsi que celui de baccalauréat en biochimie de 2004 à 2010. Il a développé l'un des premiers cours offerts via internet, cours qui est maintenant offert par d'autres campus universitaires au Canada. En 2009, il a été nommé doyen associé au développement de la FMSS. De 2010 à 2017, il a été vice-doyen à la recherche et aux études supérieures de la FMSS. Il est maintenant vice-recteur à la recherche à la recherche et aux études supérieures de l’Université de Sherbrooke.

Au plan de sa recherche, il a développé un groupe qui s’intéresse à comprendre comment les molécules d'ARN se replient pour adopter des structures actives capables d'assumer différentes activités biologiques (ribozymes et motifs G-quadruplexes). Il est biologiste moléculaire expert de l'enzymologie des ARNs ainsi que de l'étude des plus petits pathogènes découverts à ce jour, les viroïdes. Il a été titulaire de la Chaire de recherche du Canada en génomique et ARN catalytiques de 2002 à 2009 et depuis, la Chaire de recherche de l’Université de Sherbrooke sur la structure et la génomique de l’ARN. Il est très actif dans le développement par ingénierie moléculaire d’applications associées aux découvertes fondamentales de son laboratoire.

Il a été le premier directeur du Centre de Recherche de la Biologie de l'ARN (1999-2009) et un cofondateur du RiboClub, le regroupement canadien des chercheuses et chercheurs intéressés par l'étude des ARNs. Enfin, il a présidé la Société Canadienne de Biochimie, Biologie moléculaire et cellulaire, organisme dont il a siégé au conseil d'administration pendant plusieurs années. C’est sous son leadership que l’organisme est devenu la Société Canadienne des Biosciences Moléculaires.